Весной 1937 года Насер поступил в Военное училище, временно оставляя свою политическую деятельность в пользу образования. Однако в связи с тем, что у него не было влиятельного посредника, который мог бы помочь продвинуть его заявление, он был исключен. Разочарованный, Насер решил получить юридическое образование и поступил в юридическую школу, но снова потерпел неудачу, после пытался поступить в Полицейскую академию, но из-за отсутствия влиятельного покровителя, его снова не приняли. После этих трех неудач, Насер нашел себе покровителя в лице Ибрагима Хаири Паши, который помог ему в его второй попытке поступить в военное училище. С этих пор он полностью сосредоточился на военной карьере.

Именно в военной академии Гамаль Насер познакомился с Анваром Садатом и Абделем Хакимом Амером, которые стали его помощниками и важными политическими деятелями Египта во второй половине 20-ого столетия. В 1939 году Насер и Садат добровольно направились служить в Судан, который был присоединен к Египту. Во время Второй Мировой Войны они установили связи с представителями Держав Оси, особенно с итальянцами, пытаясь таким образом изгнать британцев из Египта.

С 1943 года Насер работал преподавателем в Военном училище Каира. После инцидента 1942 года, когда британцы, захватив дворец короля, заставили последнего поменять премьер-министра, Насер решил сформировать группу молодых офицеров, которые желали революции и упразднения британского влияния в Египте. Эта группа впоследствии стала известна, как движение Свободные Офицеры.