После провозглашения Республики, Нагиб принес присягу Президента Египетской Республики, однако, он одновременно был и президентом, и премьер-министром и председателем Революционного Комитета. Именно благодаря тому, что революцию в Египте совершили военные, новое правительство состояло из офицеров. Насер стал заместителем премьер-министра и имел очень большое влияние на внутренние дела государства. Однако стоит отметить, что именно Нагиб был национальным лидером, а также самым высокопоставленным офицером в новом правительстве.

Однако в этот период Нагиб столкнулся со многими офицерами Комитета, поскольку он хотел постепенно сократить политическое влияние армии и вернуть страну к гражданскому правлению, искренне полагая, что задача армии состоит в защите государства, а не в управлении им. Но с ними не были согласны более молодые и амбициозные офицеры, в первую очередь Гамаль Абдель Насер. Насер и другие офицеры провели соответствующую реформу, после которой Нагиб нуждался для своих постановлений в визе Комитета, в то время как действия правительства выполнялись от его имени и без его уведомления. Такое положение дел не устраивало Мухаммеда Нагиба, и он выдвинут ультиматум Насеру, пригрозив свой отставкой.

Тем временем, не желая терять свои позиции, Абдель Насер сделал все, чтобы дать возможность возродиться Братьям-мусульманам, которые с 1952 года были вне закона. И в 1954 году он обвинил Нагиба в поддержке последних и желании стать диктатором в Египте. После непродолжительной борьбы между Насером и Нагибом за контроль над армией, Насер выиграл и вынудил Нагиба уйти с поста президента Египта осенью 1954 года. Поддержка народа Египта помогла Нагибу вернуться на пост президента, однако, он не хотел быть марионеткой в руках Насера и других, поэтому спустя несколько месяцев окончательно ушел в отставку и был заключен под домашний арест на загородной вилле по приказу Гамаля Абделя Насера.