Полное имя, данное первому президенту Египта при рождении – Мохаммед Нагиб Юсеф Котп Элкашлан. Он родился в суданской столице Хартуме, который в то время был египетской провинцией. Его отец Юсуф Нагиб был египтянином, офицером египетской армии, служившим в Судане, а мать – Зохра Ахмед Отман имела суданское происхождение. Мохаммед был самым старшим сыном в семье.

Свое детство первый президент Египта провел в Судане. С раннего детства Мохаммед любил играть с младшим братом Али в солдатиков, что определило его будущее, несмотря на то, что отец Мохаммеда Нагиба был против того, чтобы его сыновья шли по его стопам, и считал, что его дети будут полезнее своей стране на гражданской службе.

Как результат такого стремления отца, Мохаммед Нагиб сначала пошел учиться на переводчика, а впоследствии получил диплом в юриспруденции и степень магистра по политологии и по гражданскому праву. Докторскую степень он не получил, поскольку пошел служить в армию. Однако к тому времени, Мохаммед Нагиб уже свободно владел английским, французским, итальянским и немецким языками, а также начал изучать иврит в 1950-ых годах. Изучение иврита в то время было важным для военной карьеры, особенно, после Арабо-Израильской войны 1948 года.

Еще во время учебы в Хартуме, Мохаммед Нагиб критиковал британскую оккупацию Египта и Судана. В то время Нагиб избрал себе Наполеона как образец для подражания, даже стал на полу вместо кровати, как и великий французский генерал. Однако впоследствии Нагиб сменил кумира, обратив свое внимание на Мустафу Камиля, основателя Национальной Партии. Затем он преклонялся перед Садом Заглулем и Ганди. Однако это все закончилось со смертью отца, когда Мухаммед и Али вместе матерью и сестрами закончили свое образование в Хартуме, и переехали в Каир, где началась другая жизнь.