В Каире Нагиб пошел служить в армии, но в 1924 году он оставил службу из-за своих политических убеждений. В 1927 году он женился во время получения юридического образования, и вернулся снов анна службу. К 1931 году он снова был готов уйти из армии, но в результате неожиданного поощрения он решил продолжить свою военную карьеру.

В 1934 году он снова женился и вступил на службу в Береговую охрану, где боролся с контрабандистами. В 1940-ом году Мохаммед Нагиб снова был продвинут по службе, однако, несмотря на хорошие отношения с королем Фаруком, Мохаммед постоянно отказывался целовать руку королю, считая рукопожатие лучшим проявлением уважения к королевской особе.

Иллюзии, которые, возможно, были у Нагиба относительно периода правления короля Фарука, разрушились 4 февраля 1942 года, после Инцидента в Абдинском дворце в Каире (абдикация короля Фарука). Протестуя против поведения Фарука, который позволил британцам назначить премьер-министра, Нагиб просил дать ему отставку, однако, король отказал. В 1951 году Нагиб снова подал прошение об отставке, но снова получил отказ.

Тем временем Нагиб продолжал подниматься по военной карьерной лестнице, пройдя службу в Палестине во время Арабо-Израильской войны 1948 года. Этот период стал также важным периодом в его религиозном мировоззрении. Во время войны он каждый день посвящал 30 минут времени чтению Корана. В 1949-ом году Нагиб присоединился к движению «Свободных офицеров», главой которого был Гамаль Абдель Насер, а годом спустя он получил звание Генерал-майора. За свою доблесть во время войны 1948 года генерал Нагиб получил известность и уважение по всему Египту.