Поскольку Египет оставался официально нейтральным государством, египетские вооруженные силы не участвовали в войне. Первый боевой опыт Насер получил в Палестине в 1948 году во время Арабо-Израильской войны. До прибытия официальных армий арабских государств в Палестине, многие военизированные группы из всего Арабского мира принимали участие в конфликте, в частности, египетские Братья-Мусульмане. Первоначально Насер сомневался в последних из-за их неуважения к центральному египетскому правительству, он предложил свои услуги военного Высшему Арабскому Комитету во главе с Амином Аль-Хусайни, Великим Муфтием Иерусалима.

Насер встретился с Аль-Хусайни в Каире, однако, египетское правительство отказалось позволить Насеру соединить свои силы с силами Аль-Хусайни. Однако в мае 1948 года после окончания Британского протектората, король Фарук отправил египетские войска в Палестину. В составе 6-ого батальона Пехота в Палестине оказался и Насер. Во время войны Насер постоянно писал об отсутствии боеготовности египетской армии.

Во время этой войны Гамаль Абдель Насер был представителем командующего египетских сил на территории, известной как Карман Фаллуджи. К августу 1948 года его бригада была окружена израильской армией, и просьбы о помощи, направленные в Арабский Легион Иордании остались без внимания. Тем не менее, Насер отказался сдаться, однако, переговоры между Израилем и Египтом привели к уступке Фаллуджи Израилю.

В феврале 1949 года Насер был отправлен с египетской делегацией на Родос, чтобы договорится о формальной перемирии с Израилем. После войны Насер стал преподавателем Каирского Военного училища. Он пытался наладить контакт с Братьями-Мусульманами, но вскоре понял, что они стоят на разных позициях и не понимают целей друг друга.